Dans la maison d'Ivan Petrovich Shuisky, en présence de nombreux ecclésiastiques et de quelques boyards, ils décident de divorcer Fyodor Ioannovich avec la tsarine, la sœur de Godunova, grâce à qui, selon tous les témoignages, Boris est gardé. Ils composent un papier où, se souvenant de la stérilité de la reine et de l'enfance de Démétrius, ils demandent au roi de contracter un nouveau mariage. Golovin fait allusion à Shuisky sur la possibilité de mettre Demetrius à la place de Fedor, mais reçoit un rejet sévère. La princesse Mstislavskaya transporte des invités et boit la santé de Fedor. Shakhovsky, marié de Mstislavskaya, le marieur Volokhov appelle le lieu de la réunion secrète. Ivan Petrovich envoie une pétition au métropolite, déplorant la nécessité de détruire la reine. Fedyuk Starkov, son majordome, rapporte ce que Godunov a vu. Ayant reçu d'Ouglitch des informations sur la relation de Golovin avec Nagimi et voyant une menace pour son pouvoir, il annonce à ses partisans, Lup-Kleshnin et le prince Turenin, la décision de se réconcilier avec Shuisky. Fyodor arrive, se plaignant d'un cheval courbé. La reine Irina apparaît, que Fedor rapporte malicieusement sur la beauté Mstislavskaya, qu'il a vue dans l'église, et assure immédiatement à la reine qu'elle est plus belle pour lui que tout le monde. Godunov parle d'un désir de se réconcilier avec Shuisky, et le tsar reprend volontiers l'affaire.
Fedor annonce son intention de réconcilier Godunov avec Shuisky et demande l'aide du métropolite Dionysius et d'autres membres du clergé. Dionysius accuse Godunov d'opprimer l'église, indulgente aux hérétiques et de reprendre la collecte des impôts dont l'église a été libérée. Godunov lui présente des lettres de protection et des rapports sur la persécution de l'hérésie entreprise. Le roi demande le soutien d'Irina et des boyards. Accompagné d'un enthousiasme populaire, Ivan Petrovich Shuisky arrive. Fedor lui reproche de ne pas avoir visité la Douma, Shuisky est découragé par l'impossibilité de consentir à Godounov. Fyodor, se souvenant des Écritures et appelant des membres du clergé à témoigner, parle des avantages de la réconciliation, et Godunov, obéissant à lui, offre le consentement de Shuisky. Shuisky lui reproche de ne pas vouloir partager le contrôle de l'État, que John a légué à cinq boyards: Zakharyin (décédé), Mstislavsky (forcément tonsuré), Belsky (exilé), Godunov et Shuisky. Godunov, se justifiant, parle de l'arrogance de Shuisky, selon laquelle il a utilisé le seul pouvoir au profit de la Russie, ce qui est également prouvé par; il ajoute que la tâche difficile de mettre de l'ordre dans un état frustré n'était que Shuysky. Et quand Ivan Petrovich appelle son partisan Metropolitan, il rend compte des actions de Godunov en faveur de l'église et persuade Shuisky de la paix. Irina, montrant sa couverture brodée pour le sanctuaire de Pskov, admet qu'il s'agit de son voeu de prière pour le salut de Shuisky, une fois assiégée par les Lituaniens à Pskov. Un Shuisky excité est prêt à oublier la vieille inimitié, mais exige de Godunov des garanties de sécurité à ses associés. Godunov jure et embrasse la croix. Ils invitent les élus de la foule amenée par Shuisky. Fyodor parle avec le vieil homme et ne sait pas comment l'arrêter, en son neveu il reconnaît le marchand Krasilnikov, qui l'amusait récemment avec un combat d'ours, se souvient son frère Golub, qui a vaincu Shakhovsky à coups de poing - Godunov et Shuisky n'ont pas immédiatement réussi à rendre le tsar aux électeurs appelés . Shuisky annonce une réconciliation avec Godunov, les commerçants sont inquiets ("Vous réconciliez nos têtes"), Shuisky est agacé par sa méfiance envers la personne qui vient de jurer sur la croix. Les marchands demandent la protection de Godunov, le roi, mais il les envoie à Boris. Boris ordonne tranquillement d'écrire les noms des marchands.
La nuit, dans le jardin de la princesse Shuisky Mstislavskaya et Vasilisa Volokhova attendent Shakhovsky. Il vient, parle d'amour, de l'impatience avec laquelle le mariage l'attend, la rit et plaisante avec elle. Krasilnikov arrive en courant, laissant entrer, Shakhovsky se cache, appelle Ivan Petrovich et rapporte que tous ceux qui étaient avec le tsar ont été capturés par l'ordre de Godunov. Choqué Shuisky ordonne à Moscou de monter à Godounov. Il avait laissé entendre que Dimitri Golovin s'était brusquement interrompu et, disant que Boris s'était trompé, il est allé voir le tsar. Les boyards restants, quant à eux, discutent de la pétition, à la recherche d'une nouvelle reine. Vasily Shuisky appelle la princesse Mstislavskaya. Son frère n'a pas immédiatement décidé, voulant trouver au moins une raison pour une querelle avec Shakhovsky. Alors qu'il hésite, Golovin écrit le nom de la princesse dans une pétition. Shakhovskaya apparaît, déclarant qu'elle n'abandonnera pas la mariée. La princesse et Volokhova sont également retrouvées. Avec un cri général, des menaces mutuelles et des reproches, Shakhovskaya attrape une lettre et s'enfuit. Godunov présente au tsar des documents d’Etat dont il n’entre pas dans le contenu, mais approuve les décisions de Boris. La tsarine Irina parle d'une lettre d'Ouglitch de la reine douairière avec une demande de retour avec Dimitri à Moscou. Fyodor confiait l'affaire à Boris, mais Irina a exigé de lui la solution de "l'affaire de la famille"; Fedor se dispute avec Boris et est agacé par sa ténacité. Shuisky arrive, se plaint de Godunov. Il ne déverrouille pas, expliquant que les marchands n'étaient pas pris pour le passé, mais pour avoir tenté de bouleverser le monde entre lui et Shuisky. Le tsar est prêt à pardonner Godunov, croyant qu'ils ne se comprenaient tout simplement pas, mais la demande implacable de laisser le prince à Ouglitch est finalement en colère contre le tsar. Godunov dit qu'il cède la place à Shuisky, Fedor le supplie de rester, Shuisky, blessé par le comportement du tsar, s'en va. Kleshnin apporte la lettre de Golovin Nagim envoyée d'Uglich, Godunov la montre au tsar, exigeant que Shuisky soit arrêté et, éventuellement, exécuté. En cas d'échec, il menace de partir. Choqué Fedor après de longues hésitations, il refuse les services de Godunov.
Ivan Petrovich Shuisky console la princesse Mstislavskaya: il ne lui permettra pas d'épouser le tsar et espère que Shakhovskaya ne les informera pas. Envoyant à la princesse, il accepte les boyards et les fugitifs Krasilnikov et Dove, et, en supposant la suppression du pauvre Fedor et l'intronisation de Démétrius, définit les tâches de chacun. L'étranglé Godounov, assis à la maison, interroge Kleshnin sur Volokhova et répète plusieurs fois, "afin qu'elle putain le prince". Kleshnin envoie Volokhov à UGLICH une nouvelle mère, lui ordonne d'être protégé, et laisse entendre que si le prince souffrant d'un paddy se tuera, ils ne lui demanderont pas. Pendant ce temps, Fedor ne peut pas comprendre les documents qui lui sont présentés. Kleshnin arrive et rapporte que Boris est tombé malade de frustration, et Shuisky doit immédiatement être emprisonné pour son intention d'élever Demetrius sur le trône. Fedor ne croit pas. Shuisky entre, à qui Fedor parle d'une dénonciation et lui demande de se justifier. Le prince refuse, insiste le roi, pousse Kleshnin. Shuisky avoue sa rébellion. Fiodor, effrayé que Godounov punisse Shuisky pour trahison, déclare qu'il a lui-même ordonné de mettre le prince sur le trône et expulse le Shuisky choqué de la pièce. Shakhovskaya fait irruption dans les chambres royales et demande de lui rendre la mariée. Fedor, après avoir vu la signature d'Ivan Petrovich Shuisky, pleure et n'écoute pas les arguments d'Irina sur l'absurdité du journal. Protégeant Irina des insultes, il signe l'ordre de Borisov, terrifiant à la fois elle et Shakhovsky. Sur le pont sur la rivière, le vieil homme émeut le peuple pour Shuisky, le hussard chante sa bravoure. Un messager chevauche la nouvelle de l'avancée des Tatars. Le prince Turenin avec des archers conduit Shuisky en prison. Le peuple, poussé par le vieil homme, veut libérer Shuisky, mais il parle de sa culpabilité devant le "saint" roi et qu'il mérite une punition.
Kleshnin rapporte à Godunov que les Shuiskys et leurs partisans sont emprisonnés et présente Vasily Ivanovich Shuisky. Il tourne la question comme s'il avait lancé une pétition pour le bien de Godunov. Comprenant que Shuisky est entre ses mains, Godunov le laisse partir. La tsarine Irina vient intercéder pour Ivan Petrovitch. Godunov, réalisant que Shuisky ne cessera de se disputer avec lui, est catégorique. Sur la place en face de la cathédrale, les mendiants parlent d'un changement de métropolite répréhensible à Godounov, à propos de l'exécution de marchands qui se tenaient derrière Shuisky. La tsarine Irina conduit Mstislavskaya à demander Shuisky. Fedor sort de la cathédrale, après avoir servi un requiem pour le tsar Ivan. La princesse se précipite à ses pieds. Fedor envoie le prince Turenin pour Shuisky. Mais Turenin rapporte que Shuisky s'est étranglé la nuit, se reproche d'avoir négligé (parce qu'il a battu la foule amenée à la prison par Shakhovsky, et battu seulement en tirant sur Shakhovsky). Fedor se précipite sur Turenin, l'accusant d'avoir tué Shuisky et le menace d'exécution. Le messager apporte une lettre d'Ouglitch sur la mort du prince. Le roi choqué veut découvrir la vérité lui-même. Il y a un message sur l'approche du Khan et un siège précoce de Moscou. Godunov propose d'envoyer Kleshnin et Vasily Shuisky, et Fedor est confiant dans l'innocence de Godunov. La princesse Mstislavskaya dit qu'elle a l'intention de se faire couper les cheveux. Fedor, sur les conseils de sa femme, va céder tout le fardeau du gouvernement à Boris et, se souvenant de son intention de «s'entendre sur tout, de tout lisser», pleure son sort et son devoir royal.
